
近年来,大规模并行测序(也称为下一代测序或 NGS)已成为测序的主要方法,成本的降低和产量的提高改变了生物科学。由于具有更高的可访问性和更高的通量,NGS 还广泛用于表观遗传学或表观基因组研究,最广泛用于 ChIP-seq。 NGS 是 ChIP 的首选检测方法,它可以准确地定性和定量地了解蛋白质-DNA 相互作用,例如转录因子或染色质修饰(包括甲基化和乙酰化)的结合事件和位点。
在除了 ChIP-seq 和其他 NGS 相关技术的广泛使用hniques,另一个主要趋势是越来越多地使用有限量的起始材料(例如,由于古代化石样本、法医样本或对材料生成细胞的数量的限制)。在某些情况下,样本可能无法为常规 ChIP-seq 产生足够的材料,如胚胎组织、顶端分生组织中特定区域的少数细胞层等。在其他研究中,研究人员可能只是对单个细胞中的表观遗传事件感兴趣。
植物研究人员也需要从有限数量的材料中获得 ChIP-seq,但他们的需求很少得到满足。专门用于植物研究的商业解决方案并不多,而且通常这些解决方案不是为低细胞数实验而设计的。
在这项研究中,我们展示了一种成功且可靠的 ChIP-seq 技术,使用有限的数量植物材料,具有特定的试剂和协议,由严格的生物信息学 QC 分析支持。
Diagenode.comdocumentsChIP-seq from human tumor tissue
应用 Bioruptor® Pico 剪切人类肿瘤组织的 ChIP-seq 染色质片段。
在过去的几年里,染色质免疫沉淀紧随其后大规模平行测序 (ChIP-seq) 有助于在全基因组范围内识别转录因子功能和表观遗传修饰。大多数这些研究都是使用细胞系材料进行的。在本应用说明中,我们说明了 Bioruptor® Pico (Diagenode) 可以处理各种人类肿瘤组织,用于转录因子和表观遗传标记的 ChIP-seq 分析。
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